私の場合は、「Free Music Zilla」ではダメでした。（2011/4/2時点）
「ＤＣさくら」（フリーソフト）にて、１時間２８分、１３４ＭＢもの大きな動画のPANDORA.TVのダウンロードに成功しました。参考までに、紹介します。
http://daimaruclub.at.webry.info/201104/article_1.html

今回のダウンロードは、
「　ＮＨＫ　魔性の難問　～リーマン予想・天才たちの闘い～　」　2009年11月15日(日) 午後9時00分～9時49分　放送　「ＮＨＫ・21年11月放送・科学技術映像祭最優秀賞」
です。
この動画はＮＨＫの過去の番組ですので、レンタルＤＶＤ屋さんや、中古のビデオ屋さんでも入手不可能です。PANDORA.TVで、たまたま現在公開されていますが、いつ消えてもおかしくありません。しかし、（個人的に）すばらしいスペシャル番組と感じてまして、後々に研究や、個人で楽しみたいと思っています。

また「ＤＣさくら」のダウンロードの結果、「404_Not_found　ファイルは存在しませんでした」になる場合の対応方法　もあります。

教えてください

年明けに日本からのアクセス規制があって
直ったのもつかの間・・・・。

ドラマが1話だけかけていたのであんどーなつ
最終回見れていないのを見たいんです;_;

もともと、flvでDLできても見れない、Vid-DLにURLを入力しても同じものしか（連続ものなのに１回目ばかりDLされる）という状況に困っていました。
実際に試して成功したパターンを紹介します。
Pandoraのサイトで、見たい動画を再生しますが、この時、コピーするのはブラウザ画面のURLではなく、横に出ている関連動画の小さな窓（静止画の下にタイトルなど書いてあるもの）の、再生しているのと同じ動画の部分、タイトルではなく静止画になっているところを、MacだとコントロールキーでURLをコピーします。
それを、http://der.douga-dl.com/のURLを貼る部分に貼って、ダウンロードのボタンが出たら、それもまたURLコピーをして、別の画面で開きます。
するとDLが始まります。
DLが終わったら、VLCメディアプレーヤーを使って再生すると、他のflvプレーヤーで再生出来ないものでも、再生出来るようになりました。
参考になれば幸いです。